MySQL e PHP - insira NULL em vez de string vazia

Para passar um NULL para o MySQL, você faz exatamente isso.

INSERT INTO table (field,field2) VALUES (NULL,3)

Então, no seu código, verifique if $intLat, $intLng estão empty , se estiverem, use NULL em vez de '$intLat' ou '$intLng' .

$intLat = !empty($intLat) ? "'$intLat'" : "NULL";
$intLng = !empty($intLng) ? "'$intLng'" : "NULL";

$query = "INSERT INTO data (notes, id, filesUploaded, lat, lng, intLat, intLng)
          VALUES ('$notes', '$id', TRIM('$imageUploaded'), '$lat', '$long', 
                  $intLat, $intLng)";