Acabei de testar isso com o phpMyAdmin que instalei e mesmo quando apaguei a tabela manualmente e recebi a mensagem de erro, pude limpá-la fazendo logout e logando novamente. Portanto, minha primeira sugestão é certificar-se de que seu phpMyAdmin esteja bastante atualizado, pois esse recurso recebeu algumas melhorias nas versões recentes.
Em seguida, sugiro que você saia, limpe o cache do navegador (pelo menos no que se refere à página phpMyAdmin) e faça login novamente.
Você pode corrigir a tabela ou desativar esse recurso.
Reparando o armazenamento de configuração do phpMyAdmin
Basta executar o
create_tables.sql arquivo incluído nos examples ou sql pasta da sua instalação do phpMyAdmin. Você deve editar o arquivo se desejar usar um nome de banco de dados ou nomes de tabela não padrão. Isso pode ser mais difícil se, por algum motivo, seu phpMyAdmin ainda não permitir que você faça login. Nesse caso, você pode fazer isso a partir do
mysql cliente de linha de comando ou desative o recurso (veja abaixo) para obter acesso. Mas isso não deveria ser necessário; O phpMyAdmin deve desabilitar automaticamente o recurso no login se a tabela estiver ausente. Em seguida, edite
config.inc.php e certifique-se de que os valores atribuídos a cada tabela correspondam aos nomes das tabelas que você acabou de criar. Consulte http://docs.phpmyadmin.net/en/latest/config. html#cfg_Servers_pmadb
para a lista se você tiver alguma dúvida sobre os valores padrão. Desativando o recurso imediatamente
Basta editar
config.inc.php e remova a linha $cfg['Servers'][$i]['tracking'] . Isso desabilitará o recurso completamente para que o phpMyAdmin não procure a tabela de rastreamento. 
