Todas as tabelas phpMyAdmin são definidas no dump SQL que vem com o pacote em sql/create_tables.sql . Você pode importar esse arquivo inteiro (também recriará quaisquer outras tabelas que você possa ter descartado) ou apenas criar a tabela ausente executando esta consulta:
CREATE TABLE IF NOT EXISTS `pma__tracking` (
`db_name` varchar(64) NOT NULL,
`table_name` varchar(64) NOT NULL,
`version` int(10) unsigned NOT NULL,
`date_created` datetime NOT NULL,
`date_updated` datetime NOT NULL,
`schema_snapshot` text NOT NULL,
`schema_sql` text,
`data_sql` longtext,
`tracking` set('UPDATE','REPLACE','INSERT','DELETE','TRUNCATE','CREATE DATABASE','ALTER DATABASE','DROP DATABASE','CREATE TABLE','ALTER TABLE','RENAME TABLE','DROP TABLE','CREATE INDEX','DROP INDEX','CREATE VIEW','ALTER VIEW','DROP VIEW') default NULL,
`tracking_active` int(1) unsigned NOT NULL default '1',
PRIMARY KEY (`db_name`,`table_name`,`version`)
)
COMMENT='Database changes tracking for phpMyAdmin'
DEFAULT CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_bin;
Mude para o banco de dados phpmyadmin. Você pode então usar a guia "SQL" para executar essa consulta diretamente no banco de dados.