A construção IF/THEN/ELSE que você está usando só é válida em procedimentos e funções armazenados. Sua consulta precisará ser reestruturada porque você não pode usar a função IF() para controlar o fluxo da cláusula WHERE assim.
A função IF() que pode ser usada em consultas destina-se principalmente a ser usada na parte SELECT da consulta para selecionar dados diferentes com base em determinadas condições, não tanto para ser usada na parte WHERE da consulta:
SELECT IF(JQ.COURSE_ID=0, 'Some Result If True', 'Some Result If False'), OTHER_COLUMNS
FROM ...
WHERE ...
