Você pode usar strtotime() para cálculo do tempo. Aqui está um exemplo:
$checkTime = strtotime('09:00:59');
echo 'Check Time : '.date('H:i:s', $checkTime);
echo '<hr>';
$loginTime = strtotime('09:01:00');
$diff = $checkTime - $loginTime;
echo 'Login Time : '.date('H:i:s', $loginTime).'<br>';
echo ($diff < 0)? 'Late!' : 'Right time!'; echo '<br>';
echo 'Time diff in sec: '.abs($diff);
echo '<hr>';
$loginTime = strtotime('09:00:59');
$diff = $checkTime - $loginTime;
echo 'Login Time : '.date('H:i:s', $loginTime).'<br>';
echo ($diff < 0)? 'Late!' : 'Right time!';
echo '<hr>';
$loginTime = strtotime('09:00:00');
$diff = $checkTime - $loginTime;
echo 'Login Time : '.date('H:i:s', $loginTime).'<br>';
echo ($diff < 0)? 'Late!' : 'Right time!';
Demonstração
Verifique a pergunta já feita - como obter a diferença horária em minutos :
Subtraia o mais passado do mais futuro e divida por 60.
Os tempos são feitos no formato unix, então eles são apenas um grande número mostrando o número de segundos de 1º de janeiro de 1970 00:00:00 GMT
