Ele está mostrando quantas linhas ele percorreu para obter seu resultado.
A razão para os dados errados é que EXPLAIN não é preciso, ele faz suposições sobre seus dados com base nas informações armazenadas sobre sua tabela.
Esta é uma informação muito útil, por exemplo, ao fazer JOINS em muitas tabelas e você deseja ter certeza de que não está executando toda a tabela unida para uma linha de informações para cada linha que você possui.
Aqui está um teste em uma tabela de 608 linhas.
SELECT COUNT(id) FROM table WHERE user_id = 1
Resultado:
COUNT(id)
512
E aqui está a explicação
EXPLAIN SELECT COUNT(id) FROM table WHERE user_id = 1
Resultado:
id rows
1 608
