Use o SQL Server Assistente de migração (SSMA)

Além do MySQL, ele suporta Oracle, Sybase e MS Access.

Parece ser bastante inteligente e capaz de lidar com transferências não triviais. Ele também possui uma interface de linha de comando (além da GUI) para que, teoricamente, possa ser integrado a algum processo de carregamento em lote.

Este é o link de download atual para a versão do MySQL https://www .microsoft.com/en-us/download/details.aspx?id=54257

A versão estável atual (junho de 2016) 6.0.1 falha com o driver ODBC MySQL atual (5.3.6) durante a transferência de dados. Tudo 64 bits. A versão 5.3 com o driver ODBC 5.1.13 funciona bem.