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Remover chave primária no MySQL


Sem um índice, manter uma coluna de autoincremento se torna muito caro, é por isso que MySQL requer que uma coluna de autoincremento seja a parte mais à esquerda de um índice.

Você deve remover a propriedade autoincrement antes de soltar a chave:
ALTER TABLE user_customer_permission MODIFY id INT NOT NULL;
ALTER TABLE user_customer_permission DROP PRIMARY KEY;

Observe que você tem uma PRIMARY KEY composta que cobre todas as três colunas e id não tem garantia de exclusividade.

Se for único, você pode torná-lo uma PRIMARY KEY e AUTO_INCREMENT novamente:
ALTER TABLE user_customer_permission MODIFY id INT NOT NULL PRIMARY KEY AUTO_INCREMENT;