Sim, você pode fazer isso. Consulte a referência do MySQL (versão 5.5) .
Um índice UNIQUE cria uma restrição tal que todos os valores no índice devem ser distintos. Ocorre um erro se você tentar adicionar uma nova linha com um valor de chave que corresponda a uma linha existente. Para todos os mecanismos, um índice UNIQUE permite vários valores NULL para colunas que podem conter NULL.