O ActiveRecord do CodeIgniter não suporta UNION, então você apenas escreveria sua consulta e usaria o método de consulta do ActiveRecord.
$this->db->query('SELECT column_name(s) FROM table_name1 UNION SELECT column_name(s) FROM table_name2');
$this->db->query('SELECT column_name(s) FROM table_name1 UNION SELECT column_name(s) FROM table_name2');