Você não pode simplesmente separá-los por um ponto e vírgula?
Delete from messages where messageid = '1';
Delete from usersmessages where messageid = '1'
OU
Basta usar
INNER JOIN como abaixo DELETE messages , usersmessages FROM messages INNER JOIN usersmessages
WHERE messages.messageid= usersmessages.messageid and messages.messageid = '1'
