A indexação automática foi introduzida no sqlite 3.7.17. Uma versão do sqlite com esse recurso foi incluída apenas na visualização do desenvolvedor do Android L. É por isso que você recebe a mensagem apenas no Lollipop, mas não antes. Mesmo que seja registrado como um erro, é apenas uma mensagem.
Basicamente, a indexação automática entra em ação quando você faz pesquisas em colunas não indexadas. O sqlite assume que há tantos dados que gerar um índice temporário é mais barato do que a pesquisa bruta.
Considere adicionar índices explícitos e permanentes para suas colunas de pesquisa com
CREATE INDEX . Por exemplo, depois de CREATE TABLE :CREATE INDEX indexname ON tablename(columnname);
onde você pode escolher
tablename(columnname) das mensagens de autoindex como produzidas pelo sqlite. Se você quer apenas o comportamento antigo de volta, pode desabilitar a indexação automática com
PRAGMA automatic_index=off;
