Eu tive uma ideia de SQLAlchemy func.count na coluna booleana
.having(func.count(case([(company_map.STATUS, 1)])) < func.count(company_map.C_ID))
Se o seu SQLAlchemy for a versão mais recente, pode usar
.having(func.count(1).filter(company_map.STATUS))
que é mais limpo que o antigo.
