Provavelmente muito tarde para uma resposta, mas ainda tentarei publicá-la para alguém que esteja procurando por isso no futuro. (Como eu era)
Há também um
create_type kwarg para postgresql.ENUM . que é usado para definir o esquema para uma coluna do tipo enum no script de migração do alambique. Aqui está a aparência da minha nova definição de coluna. (Que usa um enum existente)
sa.Column('ActionType', postgresql.ENUM('Primary', 'Secondary', name='actiontype', create_type=False), nullable=True),
Isso agora usará a enumeração existente para a nova coluna sem criar uma nova.
Estou usando
SQLAlchemy==1.1.1 e alembic==0.8.8 no meu arquivo de requisitos. 
