Eu tive esse problema para o ambiente de teste e queria excluir o esquema pelo flyway. Eu consertei manipulando a sequência do feijão de mola do flyway. Primeiro, eu larguei a extensão postgis antes de
flyway.clean() e então na primeira linha de V1__init.sql add CREATE EXTENSION postgis SCHEMA public; :@Bean
@Profile("test")
public Flyway flyway(DataSource dataSource) {
Flyway flyway = new Flyway();
flyway.setDataSource(dataSource);
flyway.setLocations("classpath:db/migration");
runSql("drop extension IF EXISTS postgis CASCADE;", dataSource);
flyway.clean();
flyway.migrate();
return flyway;
}