Eu descobri a questão. Você só pode usar os scripts db init, migrate, update depois que db.create_all() for feito.
Detalhes podem ser encontrados aqui:
http://flask-sqlalchemy.pocoo.org/2.3/quickstart/
Se você receber o seguinte erro:
No application found. Either work inside a view function or push an application context.
Verifique o seguinte artigo:http://flask-sqlalchemy.pocoo.org/2.3/contexts /
