dumping apenas por tabela - despejará apenas a tabela. Você precisa despejar a sequência separadamente além da tabela.
Se você não conhece sua sequência, pode listá-la com
\d yourtable
em psql. Você verá algo na linha em que sua sequência está que se parece com:nextval('yourtable_id_seq'::regclass')
Em seguida, na linha de comando,
pgdump -t yourtable_id_seq
http://www.postgresql.org/docs/9.0/static /app-pgdump.html