Primeiro, execute a seguinte consulta no terminal psql.
select 'drop database "'||datname||'";'
from pg_database
where datistemplate=false;
Isso irá gerar
drop database
comando para todos os bancos de dados. Copie o resultado em um editor de texto e exclua (exclua) o que você deseja manter e salve-o como dd.sql
Arquivo. E execute assim:psql -d postgres -f dd.sql