Mesas menores são mais rápidas. Período.

Se você tiver um histórico que raramente é usado, será mais rápido colocar o histórico em outras tabelas.

É disso que se trata um data warehouse:separar os dados operacionais dos dados históricos.

Você pode executar uma extração periódica de operacional e uma carga para histórica. Todos os dados são mantidos, apenas segregados.