Você pode redefinir a sequência de ID do modelo usando
sqlsequencereset
comando python manage.py sqlsequencereset myapp1 myapp2 myapp3| psql
Se você quiser ler o comando sql gerado, apenas execute esse comando sem canalizá-lo para o psql.
python manage.py sqlsequencereset myapp1 myapp2 myapp3
Você precisa usar este comando em seu banco de dados de produção. Mas, como o @knbk mencionou, se seu banco de dados de produção for novo, você não precisará redefinir as sequências de id.