Vincular objetos globais (mappers, metadados) a uma conexão específica do usuário não é uma boa maneira. Bem como usar a sessão com escopo. Sugiro criar uma nova sessão para cada solicitação e configurá-la para usar conexões específicas do usuário. A amostra a seguir pressupõe que você use objetos de metadados separados para cada banco de dados:
binds = {}
finance_engine = create_engine(url1)
binds.update(dict.fromkeys(finance_metadata.sorted_tables, finance_engine))
# The following line is required when mappings to joint tables are used (e.g.
# in joint table inheritance) due to bug (or misfeature) in SQLAlchemy 0.5.4.
# This issue might be fixed in newer versions.
binds.update(dict.fromkeys([Employee, Customer, Invoice], finance_engine))
staff_engine = create_engine(url2)
binds.update(dict.fromkeys(staff_metadata.sorted_tables, staff_engine))
# See comment above.
binds.update(dict.fromkeys([Project, Hour], staff_engine))
session = sessionmaker(binds=binds)()
