Use a mesma abordagem descrita, mas
DELETE (ou agrupar, ou modificar...) duplicar PK na tabela temporária antes de carregar na tabela principal. Algo como:
CREATE TEMP TABLE tmp_table
ON COMMIT DROP
AS
SELECT *
FROM main_table
WITH NO DATA;
COPY tmp_table FROM 'full/file/name/here';
INSERT INTO main_table
SELECT DISTINCT ON (PK_field) *
FROM tmp_table
ORDER BY (some_fields)
Detalhes:
CREATE TABLE AS , COPY , DISTINCT ON 
