Como faço para gravar dados de R para tabelas PostgreSQL com uma chave primária de autoincremento?

No tópico no comentário do hrbrmstr, encontrei um hack para fazer isso funcionar.

Na postgresqlWriteTable no RPostgreSQL pacote, você precisa substituir a linha

sql4 <- paste("COPY", postgresqlTableRef(name), "FROM STDIN")

com

sql4 <- paste(
  "COPY ", 
  postgresqlTableRef(name), 
  "(", 
  paste(postgresqlQuoteId(names(value)), collapse = ","), 
  ") FROM STDIN"
)

Observe que a citação de variáveis (não incluída no hack original) é necessária para passar nomes de colunas que diferenciam maiúsculas de minúsculas.

Aqui está um script para fazer isso:

body_lines <- deparse(body(RPostgreSQL::postgresqlWriteTable))
new_body_lines <- sub(
  'postgresqlTableRef(name), "FROM STDIN")', 
  'postgresqlTableRef(name), "(", paste(shQuote(names(value)), collapse = ","), ") FROM STDIN")', 
  body_lines,
  fixed = TRUE
)
fn <- RPostgreSQL::postgresqlWriteTable
body(fn) <- parse(text = new_body_lines)
while("RPostgreSQL" %in% search()) detach("package:RPostgreSQL")
assignInNamespace("postgresqlWriteTable", fn, "RPostgreSQL")