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SQLAlchemy create_all() não cria tabelas


Você deve colocar sua classe de modelo antes de create_all() ligue, assim:
from flask import Flask
from flask_sqlalchemy import SQLAlchemy

app = Flask(__name__)

app.config['SQLALCHEMY_DATABASE_URI'] = 'postgresql+psycopg2://login:[email protected]/flask_app'
db = SQLAlchemy(app)

class User(db.Model):
    id = db.Column(db.Integer, primary_key=True)
    username = db.Column(db.String(80), unique=True)
    email = db.Column(db.String(120), unique=True)

    def __init__(self, username, email):
        self.username = username
        self.email = email

    def __repr__(self):
        return '<User %r>' % self.username

db.create_all()
db.session.commit()

admin = User('admin', '[email protected]')
guest = User('guest', '[email protected]')
db.session.add(admin)
db.session.add(guest)
db.session.commit()
users = User.query.all()
print users

Se seus modelos forem declarados em um módulo separado, importe-os antes de chamar create_all() .

Digamos, o User model está em um arquivo chamado models.py ,
from flask import Flask
from flask_sqlalchemy import SQLAlchemy

app = Flask(__name__)

app.config['SQLALCHEMY_DATABASE_URI'] = 'postgresql+psycopg2://login:[email protected]/flask_app'
db = SQLAlchemy(app)

# See important note below
from models import User

db.create_all()
db.session.commit()

admin = User('admin', '[email protected]')
guest = User('guest', '[email protected]')
db.session.add(admin)
db.session.add(guest)
db.session.commit()
users = User.query.all()
print users

Observação importante: É importante que você importe seus modelos após inicializar o db object já que, em seu models.py _você também precisa importar o db objeto deste módulo.