Acho que o OP estava perguntando sobre o charset que o Workbench usa em seu editor e como configurar o Workbench para usar UTF-8 na GUI - não como configurar o charset padrão usado para a tabela de banco de dados no Workbench. No momento, no Workbench, pode-se definir o conjunto de caracteres da tabela de banco de dados, mas independentemente disso, o Workbench em sua GUI representará dados usando o conjunto de caracteres Latin1 !!! Também inserir dados em tabelas UTF-8 através do Workbench resultará em caracteres errados no banco de dados. Também não sei como fazer o Workbench lidar com UTF-8 em sua GUI.