Na aba onde você define a estrutura da tabela, você obtém a lista de colunas e suas propriedades e abaixo disso deve haver um link "visualização de relação", entre "visualização de impressão" e "propor estrutura da tabela".

É aí que você quer ir, mas você já deve ter criado o índice em ambas as tabelas. Além disso, você pode querer ter certeza de que está usando o mecanismo de armazenamento innoDB do mysql.

Edit:Uma imagem vale mais que 1000 palavras: