Eu tenho a solução.
Eu estava importando/exportando usando phpmyadmin. Então estávamos enfrentando esses problemas.
Agora tentamos com a linha de comando e tudo funciona bem sem problemas.
Use isso para exportar:
mysqldump -u username -p databasename > filename.sql
Use isso para importar:
mysql -u username -p databasename < filename.sql
