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Substituindo todas as ocorrências de uma string por valores de uma matriz


Eu usaria um regex e um retorno de chamada personalizado, assim:
$str = "Line <br> Line <br> Line <br> Line <br>";
$replace = array("1", "2", "3", "4");
$str = preg_replace_callback( '/<br>/', function( $match) use( &$replace) {
    return array_shift( $replace) . ' ' . "\n";
}, $str);

Observe que isso pressupõe que podemos modificar o $replace variedade. Se não for esse o caso, você pode manter um contador:
$str = "Line <br> Line <br> Line <br> Line <br>";
$replace = array("1", "2", "3", "4");
$count = 0;
$str = preg_replace_callback( '/<br>/', function( $match) use( $replace, &$count) {
    return $replace[$count++] . ' ' . "\n";
}, $str);

Você pode ver esta demonstração que isso produz:
Line 1 Line 2 Line 3 Line 4