Sua consulta no código PHP não produzirá o resultado desejado porque você a configurou
Position e Secondary ao mesmo valor. Com base nos dados de exemplo que você forneceu, isso não retornará nada. Se você estiver procurando por uma consulta para selecionar jogadores qualificados para o dropdwon, poderá alterar a consulta para ficar assim:
SELECT * FROM `allsquads`
WHERE `Team` = '$t1select'
AND (`Position` = '$position[$i]' OR `Secondary` = '$position[$i]')
