Primeiro passo:verifique se a porta 3306 está aberta. Se não, então você pode abrir a porta 3306 fazendo entrada no iptables ou simplesmente você pode parar este serviço (se não estiver usando qualquer outro propósito) pelo comando abaixo.
$ service iptables stop
Segundo passo:o usuário deve ter permissão para se conectar a partir do seu ip, se não, forneça direitos conforme abaixo-
> grant select,insert,update,delete on your_db.* to [email protected]'your_ip' identified by 'your_password';
Se este não for o servidor de produção, inicialmente você poderá fornecer direitos totais globais para verificar o problema com o comando abaixo
> grant all privileges on *.* to [email protected]'%' identified by 'your_password';
