Outro método que uso que não requer a reordenação dos campos de uma tabela (supondo que o campo de incremento automático seja a primeira coluna) é o seguinte:
1) Open/import the text file in Excel (or a similar program).
2) Insert a column before the first column.
3) Set the first cell in this new column with a zero or some other placeholder.
4) Close the file (keeping it in its original text/tab/csv/etc. format).
5) Open the file in a text editor.
6) Delete the placeholder value you entered into the first cell.
7) Close and save the file.
Agora você terá um arquivo contendo cada linha do seu arquivo original precedido por uma coluna vazia, que será convertida no próximo valor de auto-incremento relevante na importação via phpMyAdmin.
