Ferramentas de front-end como o phpMyAdmin geralmente são grampeadas em um LIMIT cláusula para paginar os resultados e não travar seu navegador ou aplicativo em tabelas grandes. Uma consulta que pode retornar milhões de registros e, ao fazê-lo, levar muito tempo, será executada mais rapidamente se for mais restrita.

Não é realmente justo comparar uma consulta limitada com uma completa, o tempo de recuperação será significativamente diferente. Verifique se ambas as ferramentas estão buscando todos os registros.