IIRC não há limite no PHPMyAdmin nem no MySQL - o limite está no tamanho do POST (configuração do servidor web) ou no tamanho do upload do arquivo (php.ini). Se você não puder alterar nenhum deles, precisará fazer o upload do arquivo por outros meios ....
mysql -u username -p <mysql_export_file.sql
Se você não pode fazer upload de arquivos / não tem acesso ao shell / não tem versão CLI do cliente mysql disponível, a próxima coisa a tentar é ver se você pode se conectar remotamente usando o cliente mysql CLI:
mysql -u username -h www.example.com -p
Se isso se conectar, saia e execute-o novamente canalizando o arquivo exportado
mysql -u username -h www.example.com -p <mysql_export_file.sql
Se isso não funcionar, você precisará dividir o arquivo de exportação em vários pedaços menores ou escrever seu próprio carregador de dados que gere os dados.
C.
