Para quem vem aqui procurando uma resposta:
No phpMyAdmin 4.5.0, talvez em versões anteriores também, você pode definir o $ cfg['TablePrimaryKeyOrder'] configure assim:
$cfg['TablePrimaryKeyOrder'] = 'DESC';
Isso define a ordem de classificação padrão para as tabelas, tendo uma chave primária, quando não há ordem de classificação definida externamente. Valores aceitáveis:['NONE', 'ASC', 'DESC']
Isso define a classificação padrão se a tabela tiver uma chave primária e nenhuma outra classificação tiver sido aplicada a ela.