Eu me deparei com a mesma coisa hoje depois de atualizar para 4.6.0, o que fiz para resolver o problema foi excluir o conteúdo do diretório phpmyadmin, exceto o arquivo de configuração (config.inc.php na raiz). Feito isso, fiz o upload do 4.5.4, que pode ser obtido aqui https://github .com/phpmyadmin/phpmyadmin/tree/MAINT_4_5_4 basta clicar em download zip no canto superior direito e este é o repositório oficial deles.