No phpMyAdmin , na guia Configurações, você pode tentar verificar os seguintes valores:

• Configurações -> Consultas SQL -> Ignorar vários erros de instrução

Se você estiver usando o formato CSV:

• Configurações -> Importar -> CSV -> Não abortar no erro INSERT

Se você estiver usando o formato SQL:

• Configurações -> Exportar -> SQL -> Usar inserções para ignorar