SignalR usa o IDataProtectionProvider de IAppBuilder.Properties["security.DataProtectionProvider"] se não for nulo.
Você pode substituir isso por seu próprio IDataProtectionProvider em Startup.Configuration antes de chamar MapSignalR.
Ao fornecer seu próprio IDataProtectionProvider, você pode garantir que cada função de trabalho use a mesma chave para proteger/desproteger.