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Agregado do Mongoose, não pode adicionar dinamicamente someField:{ $not; nulo }


Há um $type especial operador que permite verificar o tipo de propriedade. Portanto, se você tiver nulos explícitos em sua coleção, eles serão do tipo 10 . Lista completa de códigos de tipo aqui . Então, para verificar se uma propriedade não é igual a null você pode usar a seguinte consulta.
db.transactions.aggregate([
    {
        $match: {
            billId: {  $not: { $type: 10 } }  
        }
    }
])