Em um conjunto de réplicas, primeiro você precisa inicializar o conjunto de réplicas com
rs.initiate()
Em seguida, conecte-se ao host PRIMARY, onde você poderá criar o usuário admin.
Siga o Implantar conjunto de réplicas com autenticação de arquivo de chave tutorial, ele descreve a implantação passo a passo.
Para cluster fragmentado, siga Implantar cluster fragmentado com Autenticação de arquivo-chave
Siga estes tutoriais com atenção, dê uma olhada particular em quais comandos são executados em cada host ou apenas uma vez ou apenas nos hosts primários, etc.