MongoDB
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Node.js reutiliza a referência do MongoDB


mydb.js :
var mongodb= require('mongodb'),
  server = new mongodb.Server('staff.mongohq.com', 10030, {
    auto_reconnect: true
  }),
  db1 = new mongodb.Db('mydb', server);


// callback: (err, db)
function openDatabase(callback) {
  db1.open(function(err, db) {
    if (err)
      return callback(err);

    console.log('Database connected');

    return callback(null, db);
  });
}

// callback: (err, collection)
function authenticate(db, username, password, callback) {
  db.authenticate(username, password, function(err, result) {
    if (err) {
      return callback (err);
    }
    if (result) {
      var collection = new mongodb.Collection(db, 'test');

      // always, ALWAYS return the error object as the first argument of a callback
      return callback(null, collection);
    } else {
      return callback (new Error('authentication failed'));
    }
  });
}

exports.openDatabase = openDatabase;
exports.authenticate = authenticate;

use.js :
var mydb = require('./mydb');
// open the database once
mydb.openDatabase(function(err, db) {
  if (err) {
    console.log('ERROR CONNECTING TO DATABASE');
    console.log(err);
    process.exit(1);
  }

  // authenticate once after you opened the database. What's the point of 
  // authenticating on-demand (for each query)?
  mydb.authenticate(db, 'usernsame', 'password', function(err, collection) {
    if (err) {
      console.log('ERROR AUTHENTICATING');
      console.log(err);
      process.exit(1);
    }

    // use the returned collection as many times as you like INSIDE THE CALLBACK
    collection.find({}, {limit: 10})
    .toArray(function(err, docs) {
      console.log('\n------ 1 ------');
      console.log(docs);
    });

    collection.find({}, {limit: 10})
    .toArray(function(err, docs) {
      console.log('\n------ 2 ------');
      console.log(docs);
    });
  });
});

Resultado:


no sucesso:

em caso de falha:

[Resposta Original]:

Você está abrindo o db várias vezes (uma vez em cada query ). Você deve abrir o banco de dados apenas uma vez e usar o db objeto no retorno de chamada para uso posterior.

Você está usando o mesmo nome de variável várias vezes, e isso pode ter causado alguma confusão.
var mongodb = require('mongodb'),
    server = new mongodb.Server('staff.mongohq.com', 10030, {
        auto_reconnect: true
    }),
    db1 = new mongodb.Db('mydb', server);

function authenticateAndGo(db, handle) {
    db.authenticate('username', 'password', function(err) {
        if (err) {
            console.log(err);
            return;
        }
        console.log('Database user authenticated');

        var collection = new mongodb.Collection(db, 'test');

        handle(collection);
    });
}

function query(handle) {
    db1.open(function(err, db2) {
        if( err ) {
            console.log(err);
            return;
        }
        console.log('Database connected');

        authenticateAndGo(db2, handle);
    });
};
exports.query = query;

Alterei um pouco o código acima (db1 para o banco de dados original, db2 para o aberto banco de dados). Como você pode ver, você está abrindo db1 várias vezes, o que não é bom. extraia o código para abrir em outro método e use-o UMA VEZ e use o db2 instância para todas as suas consultas/atualizações/remoções/...