Sugiro armazenar votos como uma lista de histórias _id s em cada usuário. Dessa forma, você pode descobrir em quais histórias um usuário votou apenas olhando a lista. Para obter os usuários que votaram em uma história, você pode fazer algo como:

db.users.find({stories: story_id})

onde story_id é o _id da história em questão. Se você criar um índice nas stories campo ambas as consultas serão rápidas.