A melhor maneira é fazer um
mongodump então mongorestore . Você pode selecionar a coleção através de:mongodump -d some_database -c some_collection
[Opcionalmente, compactar o dump (
zip some_database.zip some_database/* -r ) e scp isso em outro lugar] Em seguida, restaure-o:
mongorestore -d some_other_db -c some_or_other_collection dump/some_collection.bson
Dados existentes em
some_or_other_collection será preservado. Dessa forma, você pode "anexar" uma coleção de um banco de dados a outro. Antes da versão 2.4.3, você também precisará adicionar novamente seus índices depois de copiar seus dados. A partir da versão 2.4.3, esse processo é automático e você pode desativá-lo com
--noIndexRestore . 
