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Mongoose - Incrementar um valor dentro de uma matriz de objetos


Não é possível incrementar diretamente o valor no .find consulta se labelOptions é uma matriz de objetos. Para facilitar, você deve alterar as labelOptions tipo de Array de Objetos para Objeto:
"labelOptions": {
    "Bob": 112,
    "Billy": 32,
    "Joe": 45
};

Considere também usar .findByIdAndUpdate em vez de .findOneAndUpdate se você estiver consultando pelo _id do documento . E então, você pode alcançar o que deseja:
Poll.findByIdAndUpdate(
    id,
    {$inc: {`labelOptions.${labelOption}`: 1 }},
    function(err, document) {
    console.log(err);
});

ATUALIZAÇÃO:Se você for persistente em usar Array of Objects para labelOptions , há uma solução alternativa:
Poll.findById(
    id,
    function (err, _poll) {

        /** Temporarily store labelOptions in a new variable because we cannot directly modify the document */
        let _updatedLabelOptions = _poll.labelOptions;

        /** We need to iterate over the labelOptions array to check where Bob is */
        _updatedLabelOptions.forEach(function (_label) {

            /** Iterate over key,value of the current object */
           for (let _name in _label) {

               /** Make sure that the object really has a property _name */
               if (_label.hasOwnProperty(_name)) {

                   /** If name matches the person we want to increment, update it's value */
                   if (_name === labelOption) ++_label._name;
               }
           }
        });

        /** Update the documents labelOptions property with the temporary one we've created */
        _poll.update({labelOptions: _updatedLabelOptions}, function (err) {

            console.log(err);
        });
    });