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Como contar itens na lista de listas


Você pode $match para a version campo e $map que itera o mol e $size para calcular o comprimento do campo de dados.
db.collection.aggregate(
    [{
        $match: {
            "versionA": "2.1.2"
        }
    }, {
        $project: {
            _id: 0,
            "project": 1,
            "scene": 1,
            "mol": {
                $map: {
                    input: "$mol",
                    as: "mo",
                    in: {
                        $size: "$$mo.data"
                    }
                }
            }
        }
    }]
)