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como contar de php mongodb embutido?


Você pode desenrolar o documento incorporado e, em seguida, combinar o status usando groupby contar todos os documentos. 
db.collection.aggregate([

                        { "$unwind": "$chat"},
                       {$match:{"chat.status": "pending"}}, 
                        { "$group":{"_id":null, count: {$sum:1}}}
                ])

OU

Simplifique a busca de todos os documentos e conte o comprimento da matriz 
db.collection.aggregate([

                        { "$unwind": "$chat"},
                       {$match:{"chat.status": "pending"}}, 

                ])