O código como postado realmente funciona com sucesso - o problema que eu tive foi outra coisa.
Eu fiz algo assim:
Aggregation agg = newAggregation(
project("comments"), //This was the problem! Without this it works as desired!
unwind("comments"),
sort(Direction.DESC, "comments.createdAt")
);
Como escrevi no código, queria projetar apenas os comentários -Campo para economizar alguma sobrecarga - mas isso realmente causou meu problema!
Muito obrigado pela dica!