Respondendo minha própria pergunta!

Parecia ser algo pateta acontecendo com a instalação do MongoDB. Reinstalando-o manualmente em http://docs. mongodb.org/manual/tutorial/install-mongodb-on-os-x/ e, em seguida, restaurar meu banco de dados de backup parecia fazer o truque.

Eu ainda adoraria saber, de um ponto de vista de código/técnico, por que meu ambiente de repente decidiu começar a retornar o BSON ObjectID de 12 bytes em vez do ObjectID hexadecimal ... que se deparam com este estranho problema!