Parece bastante provável, dado o uso de elipses em sua listagem de esquemas, que existem mais propriedades do que
isDeleted sob os metadata propriedade. Então seu objeto deve ser:var searchOptions = { "metadata.isDeleted": false } };
A razão para isso é que, caso contrário, a consulta está procurando um documento com "exatamente" e "somente" as propriedades nomeadas em
metadata chave:var searchOptions = { metadata: { isDeleted: false } };
E quando esse não é o caso, é claro que não há correspondência.
