De acordo com as Notas da versão do MongoDB 3.6 https://docs.mongodb.com/manual/release-notes/3.6/

(@ Drivers Compatíveis) para obter acesso aos recursos do mongodb 3.6 é necessário usar o driver de nó 3.x.

Parece que o driver está no estado RC (no momento desta resposta) .https://github.com/mongodb/node-mongodb-native/releases

E como tal, provavelmente, o mangusto ainda está esperando para começar a usá-lo.https://github.com/Automattic/mongoose/blob/master/package.json

Então você tem que esperar até que essas coisas sejam organizadas ou, claro, você pode tentar conectar as coisas por conta própria até que a adaptação oficial seja feita.

-- Atualizar --

Agora funciona bem.