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Geração de mapas de calor com R, Php e Mongodb

ggmap(mapgilbert) + 
  stat_density2d(data = df, aes(x = lon, y = lat, fill = ..level.., 
                                alpha = ..level..), size = 0.01, 
                                bins = 16, geom = "polygon") + 
  scale_fill_gradient(low = "green", high = "red") + 
  scale_alpha(range = c(0, 0.3), guide = FALSE)

Acho que 4 milhões de pontos são muito caros computacionalmente. Talvez você deva usar um subconjunto ou amostra de seus dados.